聲波除藻原理為聲波在傳播中引起質點的交替壓縮和伸張，可以通過機械作用、熱效應和聲流作用，使藻類細胞破裂、物質分子中的化學鍵斷裂；聲空化的破壞作用使藻藍蛋白喪失了功能，表現為光合能力的降低，從而抑制藻細胞的生長；另外，進入空化泡的水蒸氣在高溫和高壓下產生羥基自由基，可與親水性、難揮發的物在空化泡氣液界面上進行氧化反應；而疏水性、易揮發的物可進入空化泡進行類似燃燒的熱解反應。聲波還能通過觸變效應引起生物組織結合狀態的改變，造成細胞液變稀，細胞質沉淀。聲波引起的化學效應也能分解藻毒素等藻細胞分泌物和代謝產物，使水體的有害藻種類減少，總密度降低。
聲波除藻設備是利用聲波在液體中的分散效應，使液體產生空化的作用，從而使液體中的固體顆粒或細胞組織破碎．聲波細胞粉碎機由聲波發生器和換能器二大部分組成。聲波發生器將市電轉變成18-21KHz交變電能供給換能器。鋯鈦酸鋇壓電振子是換能器的心臟，它隨交變電壓以18-21KHz頻率作伸縮彈性形變，換能器隨之作縱向機械振動。振動波通過浸入在生物溶液中的鈦合金變幅桿產生空化效應，激發介質里的生物微粒劇烈振動。
聲波殺藻具有突出優勢
(1)聲波空化效應引起的高梯度剪切力可微生物細胞壁，釋放出胞內物質，形成溶解性物，與此同時也釋放出酶，酶的作用可使其余未被的微生物細胞失去對周圍環境的適應能力，成為厭氧微生物的營養物而被消耗，加速了發酵過程，縮短了消化周期。
(2)藻細胞氣泡，是藻類漂浮在水面上而不會下沉的原因，氣泡具有了產生聲空化效應的重要條件——空化核。在聲波空化效應的作用下，藻細胞的氣囊被，生物膜與細胞核的結構與構型被破壞，導致藻細胞失去控制浮動的能力，破壞藻內的氣泡結構，使細胞爆裂，使其因喪失氣泡的浮力沉于水底，無法進行光合作用而失去存活和繁殖能力，它們失去陽光的照射就會亡。
(3)不同藻類其藻細胞的共振頻率也不同，因此聲波可以針對某種特定的藻類，而不會損害其他水生生物。
(4)利用低頻聲空化閾值較低的特性，需較小的低頻聲功率作用于微囊藻內的氣泡就有可能產生空化效應。聲波除藻技術處理設備相對簡單，壽命長。將聲波技術引入到水處理單元中，可以、經濟地富營養化水的處理效果。通過聲波還可以降解其他污染物和藻毒素。藻類破碎后的細胞殘骸，由于其體積明顯減小，也便于動物藻類補食或進一步分離處理。
杭州精浩機械生產的聲波除藻設備，有如下的功能
1、自動調頻起振，無需手工調節。
2、有溫度保護探頭，可在破碎過程中由于溫度升高破壞樣品。
3、 跟蹤顯示輸出實際功率。
4、可調整“工作/間歇”比例時間循環脈沖式工作，時間范圍從0.5秒～1 小時，破碎效果，溫升。
聲波殺藻的不足：聲波的頻率在水中會降低，因此該技術更適于解決湖泊或池塘中發生的藻類問題。同時治理的成本，自動化控制技術的發展，都制約著聲波除藻技術的普及。
